Uma das operações realizadas no Porto de  Santos é a de cabotagem. Este é o nome dado para a navegação que  acontece na costa marítima, apenas ligando os portos nacionais ou de  regiões próximas, como o Mercosul. 
Entre as vantagens do serviço  de cabotagem estão o menor custo unitário, a diminuição do índice de  avarias e sinistros, além da redução de acidentes e congestionamentos  nas estradas e menor poluição. Apesar disso, esse tipo de transporte de  mercadorias ainda sofre com dificuldades burocráticas e de pouco  incentivo fiscal do Governo, que vem discutindo propostas para melhorar  este tipo de transporte.
A Secretaria de Portos (SEP) lista 31  barreiras que impedem o desenvolvimento da navegação de cabotagem no  Brasil e o atual momento econômico do País dificulta alterações a curto  prazo.
Atualmente, os principais operadores de linhas de  cabotagem no Brasil são a Log-in, Aliança Navegação (Grupo Hamburg-Süd) e  Mercosul Line (Grupo Maersk). As três incluem o Porto de Santos como  escala. 
A maioria das cargas de cabotagem no Brasil são de  granéis líquidos, e granéis sólidos. Porém, com a renovação das frotas  das armadoras, a perspectiva é que haja um crescimento para a cabotagem  com transporte de contêineres. Um exemplo de investimento é a nova frota  da Aliança com quatro embarcações especializadas neste serviço, com  capacidade cada para 3.800 TEUs (unidade equivalente a um contêiner de  20 pés) e 500 tomadas para caixas metálicas refrigeradas.
O  principal eixo de movimentação por cabotagem no Brasil liga o Norte do  País com o Sul e Sudeste. Cargas que são fabricadas em Manaus (AM) como  aparelhos de som, DVDs, televisores, máquinas de lavar e secadoras de  roupa saem dessa região para outros portos do País. 
Já do Porto  de Santos são embarcados componentes, embalagens e aço para Manaus,  produtos de higiene e limpeza, além de materiais de construção e  alimentos congelados em direção à regiões Norte e Nordeste.
Existe  também a “cabotagem internacional”, na qual a navegação acontece na  costa entre dois ou mais países. No caso do Brasil, essa operação pode  passar pela costa brasileira e realizando a viagem até os portos de  Buenos Aires, na Argentina, e Montevidéu, no Uruguai.
A  denominação deste tipo de operação foi uma homenagem ao navegador  veneziano do século XVI Sebastião Caboto, devido as expedições  realizadas por ele, onde explorou a costa da América do Norte, da  Flórida, nos Estados Unidos à foz do rio São Lourenço, no atual Canadá; e  na América do Sul, quando navegou pelo Rio da Prata. Devido a esses  feitos a operação é chamada de cabotagem.